Управление реализацией Программы осуществляется Министерством туризма и предпринимательства Республики Алтай.
Министерство туризма и предпринимательства Республики Алтай готовит бюджетные заявки на выделение ежегодных ассигнований для финансирования настоящей Программы из республиканского бюджета Республики Алтай представляет их в Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай.
Министерство туризма и предпринимательства Республики Алтай ежеквартально в срок до 15-го числа месяца, следующего за отчетным кварталом, направляет в Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай аналитическую информацию о ходе реализации Программы.
Ежегодно до 15 мая года, следующего за отчетным, Министерство туризма и предпринимательства Республики Алтай направляет в Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай доклад об итогах реализации Программы за отчетный период.
Организация контроля за исполнением Программы возлагается на Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай с участием Министерства финансов Республики Алтай, Министерства туризма и предпринимательства Республики Алтай, привлеченных независимых экспертов.