Управление программой осуществляется ее государственным заказчиком- координатором программы - Комитетом по физической культуре и спорту Республики Алтай, на который возлагается ответственность за качественное и своевременное исполнение программных мероприятий, эффективное использование финансовых средств, выделяемых на реализацию программы.
Комитет по физической культуре и спорту Республики Алтай, Министерство регионального развития Республики Алтай, Министерство образования, науки и молодежной политики Республики Алтай, Министерство здравоохранения Республики Алтай с учетом выделяемых на реализацию программы финансовых средств ежегодно согласовывают сроки и затраты по программным мероприятиям, объемы и источники финансирования, механизм реализации программы.
В части строительства объектов физической культуры и спорта руководство и контроль осуществляет Министерство регионального развития Республики Алтай.
Министерство финансов Республики Алтай с участием Министерства экономического развития и инвестиций Республики Алтай, государственных заказчиков программы осуществляет контрольные проверки за ходом реализации программы.