Обязанности по реализации Программы, достижению конечного результата и эффективному использованию денежных средств, выделяемых на выполнение Программы, возлагаются на Министерство регионального развития Республики Алтай.
Контрольные проверки за ходом реализации Программы осуществляет Министерство регионального развития Республики Алтай с участием Министерства финансов Республики Алтай и Министерства экономического развития и инвестиций Республики Алтай.
Министерство регионального развития Республики Алтай с учетом выделяемых на реализацию Программы финансовых средств ежегодно уточняет целевые показатели, согласовывает сроки и затраты по программным мероприятиям.
Министерство регионального развития Республики Алтай ведет учет и осуществляет хранение документов, касающихся Программы, направляет в Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай ежегодно до 1 февраля года, следующего за отчетным периодом, отчет о реализации Программы.