5.1. Структуру департамента составляют:
- отдел высшего и дополнительного профессионального образования;
- отдел среднего профессионального образования;
- отдел воспитательной работы;
- отдел развития образования и инноватики;
- отдел содержания образования;
- сектор науки и научно - технической политики;
- отдел дошкольного, специального образования и реабилитации;
- отдел по защите детства;
- сектор кадрового обеспечения и социальной защиты;
- производственно - экономический отдел начального профессионального образования;
- отдел организации деятельности начального профессионального образования;
- отдел экономики, планирования и учета образования;
- сектор технического обеспечения;
- юридический сектор;
- начальник отдела бухгалтерского учета, отчетности и контроля (главный бухгалтер);
- отдел укрепления материально - технической базы и социально - экономического развития;
- отдел бухгалтерского учета, отчетности и контроля (централизованная бухгалтерия).
5.2. Департамент возглавляет генеральный директор, назначаемый главой администрации Краснодарского края.
5.3. Генеральный директор департамента:
- руководит деятельностью департамента и его отделов;
- возглавляет коллегию департамента, научно - технический совет, лицензионный совет;
- утверждает положения об отделах департамента;
- определяет должностные обязанности работников департамента;
- издает в пределах своей компетенции приказы, инструкции, подлежащие исполнению работниками аппарата департамента;
- устанавливает штатное расписание и должностные оклады работников департамента в пределах численности и утвержденного фонда оплаты труда, установленных главой администрации края;
- назначает на должность и освобождает от должности работников департамента, руководителей подведомственных образовательных, научных и иных учреждений, финансируемых за счет краевого бюджета;
- награждает и представляет к поощрению особо отличившихся учащихся, студентов, работников сферы образования и науки края;