3.1. Агентство возглавляет руководитель Агентства, который одновременно является Главным государственным ветеринарным инспектором Камчатского края, назначается на должность и освобождается от должности Губернатором Камчатского края по согласованию с Главным государственным ветеринарным инспектором Российской Федерации.
3.2. Руководитель Агентства по специальным вопросам подчиняется Департаменту ветеринарии Министерства сельского хозяйства Российской Федерации.
3.3. Руководитель Агентства несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Агентство полномочий и реализацию возложенных на Агентство задач и функций в установленной сфере деятельности.
3.4. Руководитель Агентства:
1) в установленном порядке назначает на должность и освобождает от должности работников Агентства (за исключением своих заместителей);
2) решает в соответствии с законодательством Российской Федерации и Камчатского края о государственной гражданской службе вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы Камчатского края в Агентстве;
3) утверждает структуру и штатное расписание Агентства в пределах установленных Губернатором Камчатского края фонда оплаты труда и численности работников, смету расходов на содержание Агентства в пределах утвержденных на соответствующий период ассигнований, предусмотренных в краевом бюджете;
4) назначает и освобождает от должности в установленном порядке руководителей подведомственных краевых государственных учреждений, заключает и расторгает с указанными руководителями трудовые договоры;
5) вносит в Министерство финансов Камчатского края предложения по формированию краевого бюджета в части финансового обеспечения деятельности Агентства;
6) издает приказы в установленной сфере деятельности Агентства, а также по вопросам внутренней организации работы Агентства;
7) представляет в Правительство Камчатского края в установленном порядке предложения о создании, реорганизации и ликвидации подведомственных краевых государственных учреждений ветеринарии;
8) принимает участие в организации работы по подготовке и переподготовке, повышению квалификации государственных гражданских служащих Агентства, а также работников подведомственных краевых государственных учреждений ветеринарии;
9) действует без доверенности от имени Агентства, представляет его во всех государственных, судебных органах и организациях, заключает договоры, открывает и закрывает счета в соответствии с законодательством Российской Федерации, совершает по ним операции, подписывает финансовые документы, выдает доверенности;
10) осуществляет иные полномочия в соответствии с законодательством Российской Федерации и Камчатского края.
3.5. Руководитель Агентства, являясь Главным государственным ветеринарным инспектором Камчатского края, имеет права, предусмотренные законодательством Российской Федерации о ветеринарии.