5. Охранная зона выделена на смежных с заповедником территориях Шушенского и Ермаковского районов Красноярского края и включает в себя:
акваторию водохранилища Саяно-Шушенской ГЭС со всеми заливами (за исключением участка залива по р. Ус выше впадания р. Ашпан) с площадью 12 тыс. га;
двухкилометровую полосу по правобережью водохранилища от устья р. Голая до административной границы Красноярского края с Республикой Тыва;
пятикилометровую полосу вдоль западной границы заповедника по Кантегирскому и Саянскому хребту от устья р. Голая до административной границы Красноярского края с Республикой Тыва.
6. Под охранную зону заповедника попадает 49,4 тыс. га земель Саяно-Шушенского лесхоза, 44,6 тыс. га Усинского лесхоза. Перечень кварталов, попадаемых в охранную зону заповедника, уточняется при каждом лесоустройстве. Земельные участки в пределах охранной зоны заповедника у землевладельцев не изымаются, меняется только природоохранный режим.