Руководство реализацией Программы осуществляет Департамент общественных и межрегиональных связей города Москвы, являющийся по распоряжению Правительства Москвы головным заказчиком - координатором Программы. Головной заказчик - координатор Программы дает оценку промежуточных результатов и хода ее реализации в целом, готовит предложения о порядке выполнения Программы, включении, исключении и корректировки отдельных подпрограмм и проектов, уточняет целевые показатели; осуществляет координацию и контроль над ходом реализации целевой программы государственными заказчиками.
Важно задействовать в столице отработанную систему общественно-государственной координации мирокультурного строительства.
В середине 2000 года обобщенные результаты были доложены и обсуждены на таких мероприятиях, как Всероссийская конференция "Культура мира в России: итоги и перспективы", организованная Комиссией Российской Федерации по делам ЮНЕСКО и Московским бюро ЮНЕСКО совместно с Российским государственным гуманитарным университетом, а также на проведенном в декабре 2000 года Дне культуры мира московского мегаполиса. Важным этапом на пути столицы к культуре мира стало проведенное в мае 2001 года Московское городское координационное совещание, посвященное реализации проекта Международного десятилетия культуры мира и ненасилия в интересах детей планеты (2001-2010 годы). В марте 2002 года Собрание актива Комитета общественных и межрегиональных связей Правительства Москвы в своей резолюции определило позиции в разработке и реализации столичной программы толерантности.
Важная роль отводится Московскому городскому центру культуры мира, его Общественному консультативному совету.
В целях эффективного программно-методического, научного обеспечения, усиления координации деятельности государственных и неправительственных организаций целесообразно преобразовать Московский городской общественный Центр культуры мира, созданный при Московском Доме национальностей постановлением Правительства Москвы N 1100 от 30 ноября 1999 года, в Московский центр культуры мира и толерантности, а также создать Фонд "Толерантность" для финансовой поддержки Программы.
Конструктивная перспектива мирокультурной деятельности столицы в формировании толерантности - масштабное развертывание деятельности Московского центра культуры мира и толерантности, Московского центра глобальных мирокультурных стратегий, Российского союза за культуру мира и других общественных неправительственных организаций.