Сразу же после отбора флаконы, мешки и ящики с пробами помещают в надежный контейнер, в котором установлена требуемая температура (например, в сумку-холодильник с хладоэлементами).
Пробы упаковывают, чтобы не допустить перекрестного заражения и предотвратить протекание или потерю/впитывание влаги.
Пробы должны быть четко идентифицированы путем нанесения на их упаковку необходимой для этого информации (например, номера партии либо иного идентификационного номера).
Пробы упаковывают в амортизирующие материалы, чтобы не допустить повреждения контейнеров или запаек при транспортировании. В некоторых случаях заказчик требует использования запаек для гарантии того, что пробы не повергались изменениям в течение всего периода от момента отбора проб до их анализа в лаборатории.
Во избежание возможных изменений характеристик микрофлоры не допускается непосредственный контакт проб с объектами, имеющими низкую температуру (например, с пакетами со льдом).